Si les thèses CIFRE sont profitables pour les entreprises, ce n’est pas toujours le cas pour les doctorant·e·s et les laboratoires. Certaines entreprises ne sont pas vraiment intéressées par la recherche et mettent la pression pour avoir des résultats rapidement, tandis que certaines équipes de recherche abusent des contrats CIFRE, pour des raisons financières ou pour ne pas avoir à trop encadrer, au détriment d’une vraie stratégie de recherche.